Sinds het ontstaan van de beschaving, is hij aanbeden als een god. Apocalypse (Oscar Isaac), de eerste en meest krachtige mutant van Marvel’s X-Men universum, vergaarde de krachten van veel andere mutanten, werd onsterfelijk en onverslaanbaar. Als hij na duizenden jaren ontwaakt, raakt hij gedesillusioneerd met de wereld die hij ontdekt en rekruteert een team van krachtige mutanten, waaronder een ontmoedigde Magneto (Michael Fassbender), om de mensheid op te ruimen en een nieuwe wereldorde te scheppen, waar hij de macht over zal hebben. Met het lot van de Aarde in de balans, moet Raven (Jennifer Lawrence) met behulp van Professor X (James McAvoy) leiding geven aan een team van jonge X-Men om hun grootste vijand ooit te stoppen en de mensheid te redden van complete vernietiging.